در این دیدار كه بیش از 4 ساعت به طول انجامید، رهبر انقلاب اسلامی «علم» را پایه اصلی حوزه های علمیه برشمردند و خاطرنشان كردند: اساس حوزه علمیه، بر علم استوار است و بنابراین حوزه باید به لوازم «علم محوری» پایبند باشد.

حضرت آیت الله خامنه ای، استقبال از طرح سؤال و شبهه را از جمله لوازم پایبندی حوزه ها به هویت علمی دانستند و افزودند: علم، پرسش زا و پرسش آفرین است و «مجموعه های علم محور» از جمله حوزه، باید با روی باز با سؤال و شبهه و ابهام روبرو شوند.

رهبر انقلاب اسلامی با اشاره به معارضات علمی و بسیار جدی رایج در طول تاریخ حوزه ها، خاطرنشان كردند: این سنت ارزشمند باید در رشته های مختلف حوزه تقویت شود.

ایشان، قطع سؤال را منجر به قطع علم و دانش دانستند و افزودند: طرح «سؤال» و بیان «مسئله و شیوه جدید»، هیچ ایرادی ندارد و حتی اگر آنچه مطرح می شود غلط باشد باید با شیوه های علمی با آن برخورد كرد.

رهبر انقلاب اسلامی، آزادفكری و آزاداندیشی را از دیگر سنت های رایج در حوزه ها دانستند و با تأكید بر تعمیق این سنت حسنه افزودند: آزاداندیشی خاصیت علمی بودن است و تحجر در میدان علم، اصولاً معنا ندارد.

حضرت آیت الله خامنه ای، در عین حال، برخی اظهارنظرها درباره نبودن فضای آزادی و نقادی در حوزه را، تهمتی بزرگ برشمردند و افزودند: آزاداندیشی جاری در حوزه، از قبل نیز بیشتر است اما این آزاداندیشی باید در سطوح مختلف گسترش و تعمیق یابد و اهل فكر، در همه رشته ها، همه گونه آراء و افكار خود را، آزادانه بیان كنند.

حضرت آیت الله خامنه ای خودباوری و اعتماد به نفس علمی را از دیگر لوازم استمرار هویت علمی حوزه ها دانستند و افزودند: در تضارب آرا و اندیشه ها، «علم» باید برترین ارزش را در حوزه ها داشته باشد البته تقوا و زهد و خشوع ارزشهای برتر است اما «علم» قابل سنجش و محك زدن است و از این منظر «عالم ترین» افراد باید در حوزه ها دارای بیشترین ارزش ها باشند.

ایشان، درباب اخلاق علمی حوزه، بر انصاف علمی و جدیت در كارهای علمی تأكید كردند و افزودند: استاد حوزه با مطالعه و تأمل، «فكر نو» تولید كند تا حوزه به آفات نظام جدید آموزش مبتلا نشود.

رهبر انقلاب اسلامی، ارتباط فعال با جامعه علمی و ملی و جامعه فراملی را از دیگر ضروریات حفظ بافت علمی حوزه دانستند و افزودند: حوزه قم با دانشگاهها و دیگر حوزه های كشور و حوزه های جهان اسلام، ارتباط منضبط علمی داشته باشد و استفاده از وسائل نوین ارتباط جمعی، می تواند این ارتباطات را تسریع و تسهیل كند.

حضرت آیت الله خامنه ای، مخالفت با سركوب آراء را از دیگر سنتهای پویا و زیبای حوزه ها خواندند و افزودند: در حوزه ها برای رد نظر مخالف از روشهای غیرعلمی استفاده نشود.

ایشان، استدلال و اقناع عقلی را اساس روشهای علمی حوزه ها و تكفیر را روشی غیرعلمی خواندند وافزودند: با آرای غلط، با استحكام اما متكی بر استدلال برخورد كنید.

رهبر انقلاب اسلامی، آموزش همراه با تفكر و تحقیق و تدبر را از دیگر لوازم پایبندی حوزه ها به ماهیت علمی برشمردند و خاطرنشان كردند: استادان محترم حوزه، از ابتدا، طلاب را متكی بر مطالعه و تفكر و تحقیق تربیت كنند.

ایشان بااشاره به ضرورت پژوهش محور بودن حوزه، نیاز حوزه ها را به رشته های مختلف علوم از جمله فلسفه خاطرنشان كردند و افزودند: فقه، ستون فقرات حوزه است اما حوزه ها با اولویت بندی علوم، در رشته های دیگر نظیر تفسیر، فنون تبلیغ و علوم انسانی نیز متخصص تربیت كنند.

حضرت آیت الله خامنه ای، استقبال از شیوه های نو در آموزش و تولید علم را مورد تأكید قرار دادند و با اشاره به اهمیت نظام اخلاق و تربیت افزودند: حوزه در عرصه های برون حوزوی بویژه در عرصه بسیار وسیع و تأثیرگذار آموزش و پرورش، تحرك بیشتر و حضور فعال داشته باشد.

ایشان تحقق این هدف را نیازمند تربیت متخصصانِ «تعلیم و تربیت و اخلاق» دانستند و به مسئولان حوزه توصیه كردند: به این ضرورت، توجه كافی كنند.

رهبر انقلاب اسلامی، با اشاره به بروز عرصه ها و وسائل جدید و تأثیرگذار در افكار عمومی داخل و خارج، خاطرنشان كردند:امكان بروز مستمر افكار و شبهات گوناگون، وظایف حوزه را بسیار سنگین تر و توجه حوزه به رشته های جدید و متنوع را ضروری ساخته است كه باید برای اینكار برنامه ریزی شود.

ایشان، جذب بیشتر افراد مستعد و مشتاق به حوزه ها را لازم دانستند و با اشاره به اقدامات مثبت و مهمی كه در حوزه علمیه قم انجام شده افزودند: مدیریت متین و قابل قبول كنونی، كه تأیید مراجع معظم را نیز داراست در انجام این اقدامات، كاملاً مؤثر بوده است.

رهبر انقلاب اسلامی با تأكید بر پرهیز از تضعیف شورای عالی و مدیریت حوزه افزودند: همه مراقب باشند كه نهادهای عمیق و ریشه داری چون جامعه مدرسین تضعیف نشوند.
حضرت آیت الله خامنه ای با اشاره به دشمنی استكبار بویژه امریكا و صهیونیزم با ترویج و تعمیق دین داری افزودند: طرحها و اقداماتی همچون كاریكاتورهای موهن، قرآن سوزی ودیگر اقدامات شبكه جهانی صهیونیزم نشان دهنده عمق خباثت دشمنان اسلام است و نباید آنها را دستكم گرفت.

ایشان افزودند: حوزه علمیه طبعاً در مقابل این دشمنی ها نمی تواند ساكت باشد و با هوشیاری، در مقابل تحركات استكبار موضع می گیرد.

رهبر انقلاب اسلامی دشمن شناسی و پرهیز كامل از حركت در مسیر دشمن را ضروری دانستند و افزودند: آحاد ملت از جمله همه حوزویان همیشه مراقب باشند تا حتی یك حرف و یك گام كوچك نیز در مسیر دلخواه دشمن برداشته نشود.

حضرت آیت الله خامنه ای در بخش دیگری از سخنانشان، معنویت، توسل، تضرع، پرهیزگاری و بی رغبتی به امور دنیوی را اساس كار حوزه دانستند و خاطرنشان كردند: اگر همه ساز و كارهای علمی، منطقی و معقول فراهم شود ولی روح و گرایش اخلاقی و معنوی حاكم نباشد، كارها در جهت صحیح پیش نخواهد رفت.

رهبر انقلاب اسلامی با یادآوری سیره اساتید و علمای بزرگ و روشن ضمیر حوزه از جمله امام خمینی (ره) در نصیحت طلاب و دعوت عملی به اخلاق و معنویت، خاطرنشان كردند: دل جوانان از زمینه مناسبی برای پذیرش نصیحت و حركت به سمت درجات عالی معنوی برخوردار است و باید از این زمینه مساعد استفاده و طلاب را قولاً و عملاً به تفكر و تأمل در باب آخرت و علم آموزی با نیت خالص الهی دعوت كرد.

ایشان دیدار و گفتگو با فضلا، اساتید و نخبگان حوزه را به یاد ماندنی، و بسیار «مفید و لذت بخش» خواندند و افزودند: همه حرفهای اساتید و فضلا، خوب، سنجیده، ابتكاری و جالب بود.

حضرت آیت الله خامنه ای افزودند: در طرحها، حتماً به شرایط و واقعیات توجه كافی شود تا امكان تحقق آنها افزایش یابد و سخنان خوب، در حد آرزو باقی نماند.

حضرت آیت الله خامنه ای با تأیید سخنان برخی اساتید درباره ضرورت تدوین سند چشم انداز حوزه و یا بیانیه مأموریت حوزه و روحانیت خاطرنشان كردند: این كار دشوار و پیچیده اگر با مقدمات صحیح انجام شود برنامه ریزی درازمدت را نیز ممكن می كند اما تا آن موقع، لازم است طرحهای قابل عمل را مطرح و با جدیت پیگیری كرد.

رهبر انقلاب اسلامی همچنین با اشاره به سخنان یكی از استادان درباره علوم انسانی، خاطرنشان كردند: علوم انسانی، علومی لازم و ضروری است به شرط اینكه براساس جهان بینی اسلامی شكل گرفته باشد.

رهبر انقلاب اسلامی تأكید كردند: حوزه علمیه با آشنایی با علوم انسانی رایج، علوم انسانی مبتنی بر جهان بینی و تفكرات اسلامی را تدوین كند.

در ابتدای این دیدار 12 نفر از اساتید حوزه و دانشگاه، فضلا و طلاب حوزه علمیه قم به بیان دیدگاههای خود درباره مسائل مختلف حوزوی – فقهی – علمی – فلسفی – اجتماعی و فرهنگی پرداختند.

اساتید و فضلا، آقایان:
-    عبدالحسین خسروپناه
-    محمدرضا زیبایی نژاد
-    محمدمهدی شب زنده دار
-    هادی صادقی
-    علی صبوحی طسوجی
-    محمدجعفر علمی
-    ابوالقاسم علیدوست
-    غلامرضا فیاضی
-    محمد فتحعلی خانی
-    عباس كعبی
-    محمدمهدی مهندسی
-    و «احمد مبلغی»

در سخنان خود بر این محورها تأكید كردند:

-    ضرورت تدوین نقشه جامع علمی – پژوهشی حوزه علمیه
-    توجه كامل به علوم عقلی و مدیریت این علوم در حوزه علمیه
-    پیشنهاد تأسیس مدرسه عالی حكمت اسلامی
-    ضرورت تأسیس و توسعه فلسفه های مضاف به «علوم و امور» همچون فلسفه فقه و فلسفه علوم انسانی
-    اهمیت حفظ و تقویت انگیزه های معنوی و اخلاقی در سطوح مختلف حوزه ها
-    لزوم تمركز بر «تحقیق محوری» در تدریس دروس سطوح عالی حوزه
-    بازتعریف جایگاه تخصصی و علمی قرآن و تفسیر در حوزه ها
-    اصلاح نگرش به فناوری اطلاعات و آی.تی در حوزه در عین توجه كامل به تولید دانش و علم
-    ضرورت اصلاح نظام آموزشی حوزه با تكیه بر سنتهای پویای آموزشی
-    توجه كامل به «محوریت عالم» به جای ترویج سیستم های سطح گستر
-    ضرورت تقویت، تكثیر و شبكه سازی حلقه های علمی بویژه در شهرستانها حول محور
«قله های علمی حوزه ها»
-    تعمیق هرچه بیشتر فضای نقد و مباحثه در حلقه های درون حوزوی
-    ضرورت توجه كامل به ظرفیتهای عمیق و فرصت ساز وسائل نوین ارتباط جمعی و فضاهای مجازی به عنوان صنایع فرهنگ ساز
-    توجه به «هنر» به مثابه زبان زیبا، گویا و ماندگار در ترویج حقایق ناب دینی
-    تدوین سند چشم انداز حوزه علمیه
-    تلاش عمیق برای ارائه نظام مندِ پاسخهای راهگشای اسلام به مسائل جدید مطرح شده در جامعه بین المللی از جمله حقوق بشر، محیط زیست و همگرایی
-    توجه به اقتضائات زمان و مكان و ساحت های نوپیدا در استنباط های فقهی
-    میدان دادن به اساتید جوان، توانا و خوش فكر در عرصه مدیریت
-    لزوم كاربردی شدن علوم انسانی در چارچوب مبانی اسلامی و فرهنگ بومی
-    ساماندهی تبلیغ در حوزه با تشكیل اتاق عالی فكر و تدوین آیین نامه تبلیغ
-    ضرورت ارتباط عمیق و مستمر متخصصان حوزوی با شبكه های نخبگان در كشورهای مختلف بویژه جهان اسلام
-    توجه به آینده پژوهی برای تأثیرگذاری بیشتر در روند تعامل و تضارب مكاتب فكری گوناگون جهان
-    مهندسی تبلیغ بر پایه تولید و توزیع صحیح پیام و براساس شناخت عمیق نیازهای مخاطب
-    ارتقای كیفی نقش استاد در روند تحول در حوزه
-    و «جهانی نگری» در ابعاد «رفتاری – روشی و اندیشه ای»